Primeira fase (1980-1985)
O Bad Religion foi formado em Los Angeles, Califórnia, em 1980 pelos estudantes do ensino secundário Greg Graffin (vocal), Jay Bentley (baixo), Jay Ziskrout (bateria) e Brett Gurewitz (guitarra), este último também conhecido como "Mr. Brett". Suas maiores influências estão nas primeiras bandas de punk rock tais como Ramones, Black Flag e The Clash. Fora do movimento punk, suas influências também incluem Beach Boys, Elvis Costello, Todd Rundgren, The Jam e Nick Lowe, e autores como Jack Kerouac.
Em 1981 a banda lançou seu primeiro EP, homônimo, através de sua recém aberta própria gravadora, Epitaph Records, que era gerenciada por Gurewitz. No ano seguinte a banda lançou o primeiro álbum, How Could Hell Be Any Worse?. Durante sua gravação Jay Ziskrout deixou a banda, tendo sido substituído por Peter Finestone.
Foi lançado em 1983 o álbum Into the Unknown, um álbum de rock progressivo não popular entre os fãs mais assíduos, e que está atualmente fora de circulação. No ano seguinte, Greg Hetson do The Circle Jerks, que já havia tocado um solo de guitarra em "Part III" de How Could Hell Be Any Worse?, entrou na banda para substituir Gurewitz, que estava em reabilitação por problemas com drogas. A banda voltou ao seu estilo do primeiro EP, mas terminou logo após.
Reunião (1986-1992)
A banda foi lentamente reformada, com Jay Bentley sendo chamado por Greg para voltar ao grupo. Após ter sido assegurado que a lista de faixas do primeiro concerto de volta consistiria na maioria das faixas de How Could Hell Be Any Worse?, ele aceitou voltar à banda para este concerto, mas acabou retornando como membro oficial. Brett Gurewitz, agora reabilitado, também foi convencido a voltar à banda.
Lançaram então Suffer em 1988, oficializando sua volta ao punk rock. Os álbuns No Control (1989) e Against the Grain (1990) aumentaram a popularidade da banda, seguidos de Generator (1992). Em 1991, antes das sessões de gravação de Generator, o baterista Pete Finestone deixou a banda para focar-se em sua outra banda, The Fishermen, que havia assinado contrato com uma grande gravadora, tendo sido substituído por Bobby Schayer.
Também em 1991 foi lançado o primeiro álbum de compilação, 80-85, uma repacotamento de How Could Hell Be Any Worse?, Bad Religion e Back to the Known, além das três contribuições da banda para o EP Public Service. Esse álbum está atualmente fora de circulação, tendo sido substituído pelo relançamento de How Could Hell Be Any Worse? de 2004, com a mesma lista de faixas.
Sucesso na mídia (1993-1995)
Com o sucesso do rock alternativo e do grunge na grande mídia, a banda deixou a Epitaph Records para assinar contrato com a Atlantic Records, re-lançando então seu sétimo álbum de estúdio, Recipe for Hate (1993), agora em uma grande gravadora. O álbum foi seguido de Stranger Than Fiction (1994), e Gurewitz deixou a banda novamente logo após seu lançamento. Ele citou oficialmente a quantidade de tempo gasto nos escritórios da Epitaph pelo fato da banda The Offspring ter se tornado uma das maiores bandas de em meados da década de 1990. Entretanto, tanto Gurewitz quanto vários outros fãs acusaram a banda de "vendida" por ter deixado a Epitaph para buscar maior retorno financeiro.
Gurewitz foi substituído como guitarrista por Brian Baker, ex-membro de bandas como Minor Threat e Dag Nasty. Com a saída de Gurewitz, Greg tornou-se o principal compositor da banda. Em 4 de março de 1998, "Stranger Than Fiction" tornou-se recebeu a primeira certificação da RIAA para a banda, o ouro, com mais de meio milhão de cópias vendidas nos Estados Unidos.
Período pós Gurewitz (1996-2001)
A banda continuou sem Brett Gurewitz e lançou mais álbuns pela Atlantic Records. The Gray Race (1996), produzido pelo ex-líder do Cars, Ric Ocasek, tornou-se um sucesso razoável, apesar da desaprovação dos fãs em relação à ausência de Gurewitz. O álbum lançou o hit "A Walk", assim como o lançamento para a Europa de "Punk Rock Song" (cantada tanto em inglês quanto em alemão). A popularidade de The Gray Race proporcionou à banda a construção de uma nova legião de fãs.
Seu próximo álbum, No Substance (1998), não foi bem recebido pela crítica e pelos fãs. O álbum conta com o convidado The Campino, vocalista do Die Toten Hosen, na faixa "Raise Your Voice". Apesar do desapontamento, no mesmo ano a banda liderou o "Vans Warped Tour", dividindo palco com bandas como NOFX, Rancid e Deftones.
Para o álbum The New America (2000), a produção foi feita por Todd Rundgren, uma das primeiras inspirações de Graffin. Na mesma época, Bobby Schayer deixou a banda com problemas no ombro, tendo sido substituído por Brooks Wackerman (Suicidal Tendencies). Com a queda da popularidade, o Bad Religion saiu da Atlantic Records em 2001 para retornar à Epitaph Records.
Volta de Gurewitz (2002-atualmente)
Brett Gurewitz voltou ao grupo em tempo para gravar The Process of Belief (2002). O próximo álbum, The Empire Strikes First, foi lançado em junho de 2004. Ambos os álbum são considerados a uma volta às origens da banda, em oposição ao seu período na Atlantic.
A banda relançou versões remasterizadas digitalmente de vários de seus álbuns, incluindo How Could Hell Be Any Worse?, Suffer, No Control, Against the Grain e Generator. O relançamento de How Could Hell Be Any Worse?, apesar do nome igual ao primeiro álbum, contém o mesmo material da compilação 80-85, incluindo o primeiro EP, Public Service.
Em 7 de março de 2006 foi lançado o DVD ao vivo Live at the Palladium, contendo um concerto realizado no final de 2004 no Hollywood Palladium, entrevistas, videoclipes e uma galeria de fotos.
Abril de 2007 marca o retorno da banda à América do Sul. Foram cinco concertos em três países (Chile, Argentina e Brasil). Em terras brasileiras foram três concertos, nas cidades de Curitiba (13 de março), São Paulo (14 de março) e Rio de Janeiro (15 de março).
Em 10 de março de 2007 a banda lançou pela Epitaph Records o seu mais recente álbum, New Maps of Hell e em 2008 uma edição de luxo do mesmo CD contendo um DvD com um show, video clipes e making off.
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